Ученые «удивлены», обнаружив, что инструмент CRISPR не так точен, как утверждалось ранее

вставка в ДНК CRISPR

Инструмент редактирования генов, известный как CRISPR-Cas12a или Cpf1, рассматривался как лучший выбор, чем другие инструменты редактирования Cas, поскольку считалось, что он более точен и менее склонен к внесению нецелевых изменений в ДНК.

Но новая статья показывает, что Cpf1 не такой чистый, как рекламировалось ранее. Исследователи использовали анализы «in vitro», используя обширную коллекцию синтезированных молекул ДНК, содержащих вариации редактированной последовательности. Они обнаружили, что Cpf1 был очень склонен к образованию нецелевых одноцепочечных срезов или «зазубрин» в двухцепочечных молекулах ДНК. Также были обнаружены нецелевые двунитевые срезы ДНК, хотя и с меньшей частотой, чем однонитевые.

Полученные данные показали, что инструмент Cpf1 создавал зазубрины в местах расположения ДНК, содержащих до четырех несоответствий базового блока ДНК по сравнению с предполагаемой целевой последовательностью. Это означает, что он повредил большое количество явно нецелевых и явно не совпадающих мест.

Важно отметить, что как указывают авторы, компьютерные программы, обычно используемые для прогнозирования нецелевых участков вырезания ДНК инструментом редактирования CRISPR, вряд ли обнаружат эти типы непреднамеренной активности Cpf1 при ДНК-слиянии.

Авторы приходят к выводу, что «обнаружение потенциальных побочных эффектов из-за неспецифического надреза требует секвенирования всего генома или специальных методов обнаружения».

Результаты, которые авторы описывают как «удивительные», показывают, что общегеномное изучение активности Cpf1 «in vivo» (в клетках) необходимо в целом, когда он используется для создания организмов с отредактированными генами. Исследователи должны проводить анализы «in vivo» с помощью инструмента редактирования Cpf1 и нескольких различных направляющих РНК, чтобы проверить, действительно ли то, что видно в этих анализах «in vitro», соответствует реальной жизненной среде клеток.

Это жизненно важно, потому что вставки или делеции (инделы) ДНК могут происходить в местах разрезов ДНК. Это может привести к непреднамеренным мутациям в геноме клеток-мишеней, что может привести к серьезным изменениям их функций.

Кроме того, исследователи должны пересмотреть существующие организмы, отредактированные при помощи Cpf1, чтобы проверить эти эффекты.

Исследование: jbc.org/content/early/2020/03/11/jbc.RA120.012933 

Оставить комментарий

Примите во внимание! На сайте автоматической публикации комментариев нет, все проходят проверку на спам.

;-) :| :x :twisted: :smile: :shock: :schu: :sad: :roll: :razz: :oops: :o :njam: :mrgreen: :lol: :laila: :idea: :grin: :gaf: :foto: :evil: :cry: :cool: :arrow: :???: :?: :!:

Оповещать о новых комнетариях по RSS